Nel 1802 Canova viene nominato da Pio VII Ispettore Generale delle Antichità e Belle Arti dello Stato della Chiesa con l'incarico di controllare le opere d'arte nei territori del Vaticano, con una particolare attenzione sui criteri di restauro dei reperti archeologici. Canova si schiera a favore della legittimità del restauro integrativo del frammento archeologico, purchè l'integrazione rispetti perfettamente lo stile, le propporzioni, la tecnica del pezzo originale. L'attenzione riservata alle questioni di restauro non impedisce a Canova di occuparsi di un altro problema scottante per la tutela dell'arte italiana in epoca napoleonica: il problema della spoliazione delle opere d'arte di tutti i territori occupati dai francesi. Canova si schiera apertamente contro questa pratica e si impegna per frenare le asportazioni, sottolineando l'inscindibilità dell'opera dal luogo d'origine e dall'ambiente circostante. Come molti altri famosi artisti dell'epoca, anche Canova contribuisce con varie sculture alla campagna propagandistica e celebrativa di Napoleone. Nelle sue statue però non si ha una sintesi tra personaggio reale ed eroe, ma il mito dell'antico prende il sopravvento sull'attenzione al dato reale: Napoleone viene identificato nell'eroe classico e l'intento celebrativo diventa apoteosi. Un esempio è dato dalla statua di Napoleone come Marte pacificatore che raffigura l'imperatore idealizzato come Marte, con l'asta e il globo sormontato dalla Vittoria. Canova riprende la consuetudine dell'arte imperiale romana di innestare teste-ritratto su corpi idealizzati secondo tipologie riconoscibili di eroi e divinità, e attribuisce al suo Napoleone il corpo perfetto di un dio. Alla nudità viene riconosciuto il ruolo che a questa avevano assegnato gli antichi, di "rendere illustri" i personaggi rappresentati. Il recupero di modelli della statuaria romana s'impone anche nella produzione di ritratti dei familiari di Bonaparte che si diffonderanno soprattutto dopo la formazione di stati satellite all'impero. Canova scolpisce anche la statua di Paolina Borghese Bonaparte come Venere vincitrice con il pomo di Paride nella mano sinistra, mitigando il valore simbolico del modello con la resa plastica e la ricerca degli effetti chiaroscurali sfumati, in grado di accentuare la resa naturalistica del corpo. Nel 1815, Canova riesce nella difficile missione a Parigi per ottenere da Napoleone la restituzione delle opere d'arte da questi trafugate durante le campagne francesi in Italia. Il Papa Pio VII gli conferisce il titolo di Marchese d'Ischia, con un vitalizio di tremila scudi che egli però vuole elargire a sostegno delle accademie d'arte.